Endogen smitta är en infektion som orsakas av mikroorganismer som redan finns i kroppen, till exempel bakterier från tarmfloran som sprider sig till en annan del av kroppen.
Endogen smitta inträffar när mikroorganismer som normalt finns i kroppen, till exempel i tarmar, hud eller slemhinnor, hamnar på en plats där de kan orsaka infektion. Detta kan ske vid kirurgiska ingrepp, kateterisering eller om immunförsvaret är försvagat. Vanliga exempel är urinvägsinfektioner eller lunginflammation orsakad av bakterier från kroppens flora. Förebyggande åtgärder inkluderar steril teknik vid medicinska ingrepp och stärkande av immunförsvaret.